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蛋白质的超二级结构、基序和结构域存在两种差异：

一、三者有不同的含义：

1.蛋白质超二级结构的含义：蛋白质超二级结构是指多肽链序列中彼此相邻的二级结构的盒子在新的空间中相互靠近，相互作用，形成规则的二级结构聚集体。在球蛋白分子一级结构的基础上，相邻的二级结构单元(螺旋折叠等。)在立体褶皱中相互靠近。

2.蛋白质模体的含义：蛋白质模体是指具有二级结构的两个或三个肽段，它们在空间上相互靠近，形成特殊的空间结构。它具有特征性氨基酸序列，并与特定功能相关。蛋白质分子中氨基酸残基的空间排列形成了具有特定生物功能的结构模式。

3.蛋白质结构域的含义：蛋白质结构域在较大的蛋白质分子中，由于多肽链中相邻的高变构结构之间的密切关系，形成两个或两个以上在空间上可以清晰区分的局部区域。通常很难与结构域分子的低价键分开，这就是它与蛋白质亚基结构的区别。

二、三种形式不同：

1.蛋白质中超二级结构的形式：目前超二级结构有三种基本形式：-螺旋结合(-)、-折叠结合(-)和A-螺旋--折叠结合(-)，其中以--结合最为常见。

2.蛋白质模型的形式：

(1)左旋超螺旋：三个右旋螺旋拧在一起形成一个左旋超螺旋；

(2)右旋超螺旋：三个左旋超螺旋拧在一起形成一个右旋超螺旋，如胶原蛋白；

(3)卷曲螺旋：两个相邻的右旋螺旋扭曲在一起，形成左旋超螺旋；

(4)螺旋束：由多个螺旋组成的聚合物。

3.蛋白质结构域的形式：蛋白质结构可分为四种类型：型、型、/型和其他类型的结构域结构。结构域结构主要由螺旋组成，如肌红蛋白的结构。

结构域结构主要由反平行折叠组成，通常两个折叠包裹在一起，如质体蓝素的结构。/结构域结构主要由螺旋包裹的平行链组成。

扩展信息：

蛋白质域的属性：

1.结构域具有空间邻近相关性，即在一级结构中彼此相邻的氨基酸残基在结构域的三维空间结构中也彼此相邻，在一级结构中彼此远离的氨基酸残基在结构域的空间结构中彼此远离，甚至分别属于不同的结构域。

2.结构域与蛋白质的生理功能密切相关。有时候几个结构域共同完成一个生理功能，有时候一个结构域可以独立完成一个生理功能，但是一个结构不完整的结构域是无法产生一个生理功能的。因此，结构域是蛋白质生理功能的结构基础，但必须指出，虽然结构域与蛋白质的功能密切相关，但结构域与功能结构域的概念是不同的。

3.域本质上是二级结构的组合，充当三级结构的积木，每个域代表一个功能。

4.结构域之间通常只有一条肽链，这使得结构域容易相对移动，这将有利于活性中心结合底物或施加压力，变构中心结合调节剂并产生变构效应，从而有利于酶催化。

5.通过结构域很容易构建特定三维排列的活性中心。

来源：搜狗百科-蛋白质超二级结构

来源：搜狗百科-超二级结构

来源：搜狗百科-模拟身体

来源：搜狗百科-蛋白质模拟体

参考来源：搜狗百科-域

参考来源：搜狗百科-蛋白质域

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